เพื่อให้การรับบุคคลเข้าศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษาและการจัดการศึกษาของมหาวิทยาลัยมหิดลดำเนินการภายใต้หลักความเสมอภาคทางการศึกษา โดยอยู่บนพื้นฐานของความถนัด ความสนใจ และความสามารถของแต่ละบุคคล ไม่เลือกปฏิบัติต่อบุคคลหรือคนกลุ่มใดกลุ่มหนึ่ง โดยหลักความเสมอภาคเป็นหลักที่กำหนดให้รัฐต้องปฏิบัติต่อประชาชนทุกคนโดยเท่าเทียม ยึดหลักประการสำคัญที่ว่าต้องปฏิบัติต่อบุคคลที่เหมือนกันในสาระสำคัญเดียวกัน และปฏิบัติต่อบุคคลที่แตกต่างกันในสาระสำคัญที่แตกต่างกันออกไป
มหาวิทยาลัยมหิดล เปิดรับบุคคลเข้าศึกษาต่อระดับปริญญาตรีจากโรงเรียนที่เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายหรือเทียบเท่า ตามสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน บางหลักสูตรเปิดรับผู้จบการศึกษาจากต่างประเทศ มีความเป็นธรรม สุจริต โปร่งใส ตรวจสอบได้ และเสมอภาค ตามหลักธรรมาภิบาลการรับนักศึกษาให้มหาวิทยาลัยมหิดลหรือส่วนงาน โดยคณะกรรมการประจำส่วนงานรับนักศึกษาเข้าศึกษาในหลักสูตรตามเงื่อนไขและวิธีการที่ระบุไว้ในหลักสูตร หรือตามประกาศของส่วนงานโดยความเห็นชอบของอธิการบดี ซึ่งการรับนักศึกษาในระดับปริญญาตรี มี 3 ประเภท คือ
1. มหาวิทยาลัยมหิดลดำเนินการคัดเลือกนักศึกษา โดยระบบโควตา
2. มหาวิทยาลัยมหิดลดำเนินการคัดเลือกนักศึกษา โดยผ่านที่ประชุมอธิการบดีแห่งประเทศไทย
3. ส่วนงานดำเนินการคัดเลือกนักศึกษาโดยตรง ตามประกาศของส่วนงาน โดยผ่านความเห็นชอบจากมหาวิทยาลัย
การจัดการศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดลมีการจัดการศึกษาระบบทวิภาค ระบบไตรภาค และระบบอื่น โดยมีรายละเอียดตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหิดลว่าด้วยการศึกษาระดับอนุปริญญาและปริญญาตรี
นโยบายคุ้มครองการเลือกปฏิบัติ การใช้คำ "เลือกปฏิบัติ" สะท้อนถึงความหมายหลายนัยในหลายบริบท หากพิจารณาในกรอบของกฎหมายสิทธิมนุษยชน ซึ่งมีปัจจัยสำคัญประกอบการพิจารณา ได้แก่ เหตุแห่งการเลือกปฏิบัติและมิติของการเลือกปฏิบัติ
การเลือกปฏิบัติ (discrimination) ในหลากหลายกรณีที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น การเลือกปฏิบัติจากผู้บังคับบัญชาต่อผู้ใต้บังคับบัญชาในมหาวิทยาลัย การเลือกปฏิบัติระหว่างเพื่อนร่วมงานในมหาวิทยาลัย การเลือกปฏิบัติของอาจารย์มหาวิทยาลัยต่อนักศึกษา และการเลือกปฏิบัติของนักศึกษารุ่นพี่ที่มีอายุมากกว่าหรือศึกษาในชั้นปีที่สูงกว่าต่อรุ่นน้องที่มีอายุน้อยกว่าหรือศึกษาในชั้นปีที่ต่ำกว่า เป็นต้น
มหาวิทยาลัยมหิดลถือเป็นสถาบันการศึกษาระดับสูงที่นอกจากจะมีหน้าที่จัดทำบริการสาธารณะด้านการให้การศึกษาแก่นักศึกษาระดับต่าง ๆ ที่จะกลายมาเป็นกำลังสำคัญของชาติในอนาคตแล้ว มหาวิทยาลัยมหิดลสามารถกำหนดแนวทางในการจัดระเบียบให้ผู้คนที่มาจากหลากหลายความเป็นมาและผู้คนที่มีความแตกต่างกันสามารถอยู่รวมกันได้อย่างปกติสุข โดยการจัดระเบียบบนพื้นฐานแห่งการเปิดโอกาสให้บุคคลทุกคนที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยได้รับโอกาสอย่างเท่าเทียมจากการทำงาน การเข้ารับบริการทางการศึกษา และการอยู่ร่วมสังคมมหาวิทยาลัย
การจัดการความหลากหลายและความเท่าเทียมรูปแบบต่าง ๆ ในมหาวิทยาลัยมหิดลไม่เพียงส่งเสริมความเท่าเทียมระหว่างบุคลากรประเภทต่าง ๆ หรือระหว่างนักศึกษาด้วยกัน หากแต่ยังส่งเสริมกิจกรรมหรือกระบวนการต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับกิจการมหาวิทยาลัยอีกด้วย ตัวอย่างเช่น การจัดการความหลากหลายและความเท่าเทียมในมหาวิทยาลัยย่อมทำให้สามารถทราบทิศทางในการจัดการการศึกษาในหลักสูตรนานาชาติหรือทิศทางในการรับนักศึกษานานาชาติเพื่อก้าวเข้าสู่ประชาคมอาเชียน ที่ไม่เพียงแต่จะต้องคำนึงถึงการรองรับบริการด้านการศึกษาต่อนักศึกษานานาชาติเท่านั้น หากแต่จะต้องคำนึงถึงความหลากหลายของนักศึกษาอาเซียนจากประเทศต่าง ๆ ในภูมิภาค ที่จะก้าวเข้ามาสู่รั้วมหาวิทยาลัยมหิดลอีกด้วย
มหาวิทยาลัยมหิดลจึงถือเป็นการส่งเสริมธรรมาภิบาลในสถาบันการศึกษา ที่ทำให้ผู้บริหาร บุคลากร และนักศึกษามหาวิทยาลัย รวมไปถึงผู้มีส่วนได้ส่วนเสียกับการดำเนินกิจกรรมของมหาวิทยาลัยได้ทราบทิศทางในการส่งเสริมความเท่าเทียมและทิศทางในการต่อต้านการเลือกปฏิบัติระหว่างบุคคลที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยในอนาคต
นอกจากนี้ การพัฒนากลไกที่ส่งเสริมความเท่าเทียมย่อมเป็นการสร้างสังคมมหาวิทยาลัยมหิดลให้มีสิ่งแวดล้อมที่เหมาะสมกับการปฏิบัติงาน การเรียนและการใช้บริการต่าง ๆ โดยปราศจากการเลือกปฏิบัติ
