มหาวิทยาลัยจัดให้มีจุดทิ้งขยะในอาคารพื้นที่ส่วนกลางอย่างครอบคลุมและทั่วถึง โดยแต่ละจุดจัดเตรียมถังขยะไว้บริการ 4 ถัง ได้แก่ ขยะทั่วไป ขยะกล่องเครื่องดื่ม ขยะกระป๋อง และขยะขวดพลาสติก โดยเจ้าหน้าที่ประจำอาคารจะดำเนินการรวบรวมและนำไปทิ้งที่จุดพักขยะทุกวัน สำหรับพื้นที่อาคารของคณะหรือส่วนงาน แต่ละอาคารจะจัดเตรียมถังขยะไว้บริการให้เหมาะสมต่อการใช้งานและการบริการในแต่ละอาคาร จากนั้นเจ้าหน้าที่ประจำอาคารจะรวบรวมขยะไปทิ้งการที่จุดพักขยะที่ตั้งอยู่รอบมหาวิทยาลัย โดยคณะหรือส่วนงานต้องดำเนินการบริหารจัดการขยะให้เป็นไปตามแผนและนโยบายของมหาวิทยาลัย

นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยจัดให้มีจุดทิ้งขยะหลัก โดยรอบมหาวิทยาลัยจำนวน 22 จุด โดยแต่ละจุดจัดเตรียมถังขยะไว้ 2 ประเภท ได้แก่ ถังขยะทั่วไปและถังขยะรีไซเคิล และเจ้าหน้าที่ที่มีหน้าที่รับผิดชอบจะดำเนินการจัดเก็บขยะวันละ 2 รอบ ในช่วงเวลา 07.00 น. และ 10.30 น. เพื่อนำไปรวบรวมไว้ที่จุดพักขยะในพื้นที่ส่วนกลางของมหาวิทยาลัย ซึ่งจุดพักขยะจำนวน 6 จุด จะกระจายอยู่โดยรอบมหาวิทยาลัย จากนั้นรถจัดเก็บขยะของเทศบาลตำบลศาลายาจะมาจัดเก็บเป็นประจำทุกวัน ในช่วงเวลา 03.00 – 06.00 น. เพื่อนำไปกำจัดต่อไป และหลังจากเก็บขนขยะเรียบร้อยแล้วพนักงานจะฉีดพ่นรักษาความสะอาดของจุดพักขยะต่อไป

ขยะรีไซเคิล

มหาวิทยาลัยมหิดลได้จัดตั้ง “โครงการธนาคารขยะรีไซเคิล” ขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2552 ตามแนวทางนโยบายมหาวิทยาลัยสีเขียว โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อการลดปริมาณขยะในภาพรวมของมหาวิทยาลัย และการรณรงค์ให้นักศึกษา บุคลากรหรือหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ได้มีคัดแยกขยะจากต้นทาง ก่อนทิ้ง ภายใต้แนวคิด “เราเป็นผู้ทำให้เกิดขยะ เราจึงต้องรับผิดชอบต่อขยะที่เกิดขึ้น” โดยขยะรีไซเคิลที่นำมาขายที่ธนาคารขยะรีไซเคิล ณ อาคารอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม จะถูกบันทึกไว้ในฐานข้อมูลโปรแกรมธนาคารขยะรีไซเคิล มหาวิทยาลัยมหิดล  และนำไปใช้ประโยชน์ในการกำหนดแนวนโยบายการบริหารจัดการขยะมหาวิทยาลัยมหิดล ในปี ต่อๆ ไป

การดำเนินงานโครงการธนาคารขยะรีไซเคิล มหาวิทยาลัยมหิดล เปิดให้บริการที่อาคารอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม วันจันทร์-ศุกร์ เวลา 08.00-15.30 น. โดยทุกวันพฤหัสบดีจะเปิดรับฝากธนาคารขยะรีไซเคิลนอกสถานที่ที่อาคารพัฒนดล คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์ เวลา 8.00 – 11.30 น. เพื่อให้บริการและอำนวยความสะดวกแก่สมาชิกที่นำขยะมาขาย

นักศึกษา บุคลากร และประชาชนทั่วไป สามารถสมัครเป็นสมาชิกโครงการธนาคารขยะรีไซเคิล โดยไม่เสียค่าใช้จ่าย เพียงนำบัตรประชาชนมาสมัคร ก็จะได้รับสมุดคู่ฝากประจำตัว คนละ 1 เล่ม พร้อมเลขรหัสสมาชิก เมื่อสมาชิกนำขยะมาขายก็สามารถรับค่าขยะเป็นเงินสด หรือจะสะสมไว้ในบัญชีก็ได้ ซึ่งระบบซอฟแวร์ของธนาคารขยะรีไซเคิลจะบันทึกประวัติการฝากขยะรีไซเคิลหรือการถอนเงินของสมาชิกไว้เป็นอย่างดี สามารถตรวจสอบได้ตลอดเวลา เช่นเดียวกับธนาคารพาณิชย์ทั่วไป

โครงการธนาคารขยะรีไซเคิล รับซื้อขยะ 5 ประเภท ได้แก่
1) กลุ่มกระดาษ ได้แก่ กระดาษA4 กระดาษกล่องสีน้ำตาล  กระดาษหนังสือพิมพ์ กระดาษ สมุด หนังสือ และกระดาษรวม ฯลฯ
2) กลุ่มแก้ว ได้แก่ ขวดเหล้า เบียร์ น้ำหวาน รวมเป็นลัง และขวดแก้วรวม
3) กลุ่มพลาสติก ได้แก่ ขวดน้ำพลาสติกใส ขวดน้ำพลาสติกขุ่น พลาสติกรวม ถุงพลาสติกสะอาด และท่อ PVC สายยาง
4) กลุ่มเหล็ก ได้แก่ เหล็กหนา เหล็กบาง กระป๋องสปอนเซอร์ เบอร์ดี้ กระป๋องรวม และกระป๋องเครื่องดื่มอลูมิเนียม
5) กลุ่มน้ำมันพืชใช้แล้ว

หลังจากที่การดำเนินงานโครงการธนาคารขยะรีไซเคิลของมหาวิทยาลัยประสบความสำเร็จ มหาวิทยาลัยก็ตั้งเป้าที่จะเป็น Eco University เพื่อจะตอบสนองต่อนโยบายของประเทศและเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (SDGs) ของสหประชาติ จึงมีแนวคิดที่จะขยายโครงการไปที่ชุมชนรอบนอกมหาวิทยาลัย และได้ตั้งโครงการที่เรียกว่า Mahidol Eco Town คือการนำโมเดลโครงการธนาคารขยะรีไซเคิลไปดำเนินการในโรงเรียนโดยรอบมหาวิทยาลัยในพื้นที่จังหวัดนครปฐม โดยครู เจ้าหน้าที่ และนักเรียนดำเนินกิจกรรมฝากขยะและถอนเงินกันเองภายในโรงเรียน ทำให้เกิดการสร้างความตระหนักและปลูกฝังพฤติกรรมการแยกขยะให้เยาวชน ปัจจุบันความสำเร็จของการขยายโครงการไปยังชุมชนยังเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยได้ขยายพื้นที่ดำเนินกิจกรรมไปยังโรงเรียนในจังหวัดระยองและจังหวัดบุรีรัมย์เพิ่มเติม (เครือข่ายจังหวัดนครปฐม 8 โรงเรียน, เครือข่ายจังหวัดระยอง 22 โรงเรียน, เครือข่ายจังหวัดบุรีรัมย์ 3 โรงเรียน)

ขยะอินทรีย์

มหาวิทยาลัยมหิดลมีพื้นที่สีเขียวและพื้นที่สวนอยู่โดยรอบและแทรกอยู่ตามอาคาร ซึ่งต้องทำการดูแลและตกแต่งให้สวยงามอยู่เสมอ จึงมีปริมาณเศษพืชและเศษต้นไม้เกิดขึ้นเป็นจำนวนมาก มหาวิทยาลัยจึงมีแนวคิดนำขยะเศษพืชและเศษต้นไม้ซึ่งเป็นขยะอินทรีย์มาสร้างประโยชน์และเพิ่มมูลค่า จึงเกิโครงการผลิตปุ๋ยหมักขึ้น โดยจะรวบรวมขยะอินทรีย์ประเภทเศษอาหาร เศษพืช และเศษต้นไม้ จากพื้นที่ส่วนกลางและพื้นที่ส่วนงานมาเป็นวัตถุดิบในการผลิตปุ๋ยหมักอินทรีย์ศาลายา

มหาวิทยาลัยตระหนักว่ามีขยะอันตรายเกิดขึ้นจากการดำเนินกิจกรรมต่าง ๆ โดยเฉพาะห้องปฏิบัติการทางการแพทย์และวิทยาศาสตร์ จากกิจกรรมการวิจัยและการสอน จึงจำเป็นต้องมีการจัดการที่ถูกต้องและเหมาะสม และมหาวิทยาลัยได้กำหนดให้มีการฝึกอบรมเกี่ยวกับการใช้สารเคมี การคัดแยก และการจัดการขยะอันตราย ให้นักศึกษาใหม่ทุกคนและเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้อง โดยของเสียอันตรายที่เกิดขึ้นทั้งหมดจะถูกรวบรวมและจัดเก็บในภาชนะที่ทนต่อการกัดกร่อนของสารเคมีและป้องกันการรั่วซึม พร้อมการปิดผนึกและการติดฉลากที่ชัดเจน ก่อนส่งให้บริษัทที่ได้รับอนุญาตรับไปกำจัดอย่างถูกวิธี

ขยะติดเชื้อ (บางประเภท)

เนื่องจากสถานการณ์การระบาดของโรคโควิด 19 ทำให้มีการใช้หน้ากากอนามัยเพื่อการป้องกันจำนวนมากมหาวิทยาลัยจึงต้องดำเนินการรวบรวมและส่งกำจัด โดยมอบหมายให้กองกายภาพและสิ่งแวดล้อมดำเนินการรวบรวมหน้ากากอนามัยที่ใช้แล้วจากทุกส่วนงาน แล้วส่งให้บริษัทที่ได้รับอนุญาตรับไปกำจัดอย่างถูกวิธี